首先是顺序不同。建元：新皇帝即位后，一般都要改变纪年的年号，重新建立年号。改元：在建元之后，一个皇帝多次改变年号叫改元。如汉武帝改了十一次年号，唐高宗用过十四个年号。其次，概念不同。建元：新皇帝即位时颁布年号，每个年号开始的一年称元年。改元：指封建时期皇帝在位期间改换年号，同一皇帝在位时更换年号。
我国历史上先后有5次使用“建元”这一年号：
1、西汉武帝刘彻（前140年—前135年）
汉武帝即位，每六年改元一次。开始时并没有命名，仅以一、二记之。即位23年后，有朝臣建议给每一元命名，于是追命以前诸元，一元即为建元。
2、十六国汉刘聪（315年—316年）
《晋书卷一○二载纪第二刘聪载记》：“聪以其太庙新成，大赦境内，改年建元。”
3、东晋晋康帝司马岳（343年—344年）
《晋书》卷七帝纪第七康帝纪》制度年号，因改元曰建元。
4、十六国前秦苻坚（365年—385年）
《晋书卷一○二载纪第十三苻坚载记上》“兴宁三年，坚又改元为建元。”
5、南朝齐高帝萧道成（479年—482年）
《南齐书卷二本纪第二高帝纪下》改升明三年为建元元年。
