1、性质不同，宇宙飞船是一种运送航天员、货物到达太空并安全返回的一次性使用的航天器。航天飞机是可重复使用的、往返于太空和地面之间的航天器，结合了飞机与航天器的性质。2、用途不同，航天飞机是运载火箭的升级产品，用途是将地面物体送到地球轨道上。而宇宙飞船则是在外太空之间飞行使用的。3、结构不同。
航天飞机最需要的是脱离地球引力，因此它有自己的动力系统和巨大的外挂燃料箱，为了减少空气阻力并在降落时充分利用空气动力，航天飞机具备非常漂亮的气动外形。
宇宙飞船虽然也有动力系统，但现阶段的动力源主要是太阳能电池，因此它不需要外接动力源。由于宇宙飞船是在外太空飞行，在外形上没什么特殊要求，因此看起来比较丑。
航天飞机最初是美国军方提出的运载火箭的替代产品，在设计要求方面除了载人、运送卫星外，能往返、可重复使用也是其最重要的性能指标。而宇宙飞船通常是为了特定目的而进行特定设计的，比如神舟5号、神舟6号除了内部结构外，外形在很大程度上是为了航天员的安全返回而设计的。
