色素分离的原理是利用混合物中各组分在流动相和固定相的分配比(溶解度)的不同而使之分离。色素分离主要采用纸层析法，是用滤纸作为载体的一种色层分析法。纸层析法通常可用于叶绿素的色素成分检验，氨基酸的鉴定及测定。
色素分离的原理
色素是赋予一定颜色的原料，人们选择商品往往凭视、触、嗅等感觉，而色素是视觉方面的重要一环。因此，色素用得是否适当对制品好坏也起决定作用。色素主要分为天然色素和人工色素两种，天然色素常用的天然色素有胭脂树红、胭脂虫红、叶绿素、姜黄素和叶红素等;而从化工合成制得的色素称为“合成色素”。
把试样点在滤纸的滤液细线位置上，当流动相溶剂在滤纸的毛细管的作用下，连续不断地沿着滤纸前进通过滤液细线时，试样中各组份便随着流动相溶剂向前移动，并在流动相和固定相溶剂之间连续一-次又一-次的分配。结果分配比比较大的物质移动速度较快，移动距离较远;分配比较小的物质移动较慢，移动距离较近，试样中各组分分别聚集在滤纸的不同的位置.上，从而达到分离的目的。
