花呗自动还款会从支付宝余额、余额宝和绑定的银行卡中扣除，还款时系统就会根据用户的支付顺序来选择扣款。如果支付宝账户余额没钱就会从余额宝中扣除，如果余额宝也没有钱的话，就会按照扣款顺序依次向下查询扣除。
自动还款的设置方法
花呗自动还款是可以设置的，对其支付顺序也可以根据自己的情况来调整。你可以在进入花呗后，点击“我的”，然后找到“自动还款设置”，里面可以选择“自动全额还款”和“按账单最低还款额还款”。
自动还款的扣款顺序可以在支付宝的设置中来调整，进入支付宝点击“我的”，然后找到右上角的“设置”，进入设置界面，找到“支付设置”进入后选择“扣款顺序”，通过向下向上的调整，就可以设置系统的扣款顺序了。
在进入支付设置后，里面还可以设置“免密支付/自动扣款”、“生物支付”和“智能设备”功能，这些都是很常用的设置项。
