1、对于新鲜黄花菜宜用保鲜盒或保鲜袋装起，放入冰箱冷藏保存，并尽快食用。若想长期保存黄花菜，脱水干制是其贮藏的主要途径。
2、自然干制法
将采摘的新鲜黄花菜包裹在塑料纸袋中，在高温下焖晒2～3小时，然后摊在太阳下暴晒，摊晒时花蕾以尽量不要重叠为好，每隔2～3小时翻动1次。如果天气晴好，地面温度在35℃左右，2天左右就可干制好。
3、工干制法
先将采摘后的新鲜黄花菜放在蒸笼中，用大火烧开水后，再用小火焖2～3分钟，当花蕾不软不硬，颜色变淡时即可；出锅后稍晾片刻后均匀摊在太阳下暴晒，晚上需收回，暴晒2天左右即可。
4、干制好的黄花菜色泽金黄或黄褐色，味鲜微甜。无论用自然方法还是人工方法干制黄花菜，一般待干制花蕾变成乳白色，用手抓一把捏紧后松开手可散开，就表明已经干制好。而对于干黄花菜的保存方法如下：
干黄花菜有很强的吸湿性，易受潮变质，为防止霉变，应在密闭容器中保存，如用双层塑料袋装好后挤出空气，扎紧密封袋口，放置在通风干燥处保存；也可用大瓷缸存放，方法是在缸底放3厘米厚干燥的草木灰或木炭灰，上面垫几层洁白纸，再分层放干的金针菜，上面盖上稻草后密封缸口即可。
