1、培养方向不同
根据我国的有关规定，科学硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
2、招生条件不同
专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历，而科学硕士则不需要。绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等。
3、招生考试不同
科学硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择。
4、学习方式不同
科学硕士： 全日制学习。一般为3年。专业硕士： 半脱产，学制2－3年。
