1、神经因素导致：患者因环境、家庭、工作，个人生活等各方面原因，身心活动受影响，精神受到创伤，紧张、焦虑、忧郁等，使机体发生心理、病理、生化代谢等一系列变化、产生失调紊乱而致病。
2、微量元素缺乏：近年来注意到微量元素在人体内具有特异的生理功能及与此病的关系。如缺锌小鼠的黏膜可发生不完全角化，棘层增厚，上皮可有不典型增生。
3、系统性疾病因素导致：扁平苔藓患者多伴有各种不同的全身性疾病或症状，不少患者发病及病情发展与某些系统疾病存在有关，如糖尿病、肝炎、高血压消化道功能紊乱等。
4、和遗传因素有关：有人发现扁平苔藓病有家族史倾向，不少学者进行了家系发病研究，但系谱分析不符合单基因遗传规 律。现多从HLA(人类白细胞抗原)方面进行研究。在家族性扁平苔藓患者所携带的HLA型基因，明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，说明口腔扁平 苔藓发病可能与遗传因素有关。
