1、蓝藻是淡水鱼类的食物，花鲢或白鲢每增长1公斤体重就能“消灭”40～50公斤蓝藻，通过投放此类鱼苗治理藻类，帛镢宜嗣防止藻类爆发。缺点如果水华污染严重，鱼类无法生长，形不成大的种群，还是难以控制蓝藻大规模爆发。
2、利用吸附藻类的植物和其他生物控制水体中的营养物质，抑制藻类过量繁殖，从而建立生态平衡系统。在人工浮床上，用人工方法让水上长出美人蕉、水葫芦、旱蕺炽缤冰伞草等等水生植物，既能吸收水体中的氮磷等污染因子，又可抑制蓝藻生长。
3、把活性污泥中的有益菌种进行菌群筛选、分离出来，喷雾干燥后获得高密度菌粉，再通过工厂化大规模生产，附着到专利填料上，形成高效处理系统。
4、用化学药物杀灭，一般用硫酸铜。但二价铜离子对生物幼体具有致畸性, 并引起饵料藻类的严重脱落；同时, 硫酸铜具有毒性, 会破坏水体正常的生态系统,产生二次污染。
5、用人力连水带藻一起捞出，在无锡水源口就是采取这个办法，缺点是对于大面积蓝藻治理仍难有效。
