1、先天脑发育畸形，如无脑回畸形，巨脑回畸形，多小脑回畸形，灰质异位症，脑穿通畸形，先天性脑积水，肼胝体发育不全，蛛网膜囊肿，头小畸形，巨脑症等；
2、神经皮肤综合症：最常见的有结节性硬化，神经纤维瘤病和脑三叉血管瘤病等；
3、遗传代谢病，如苯丙酮尿症，高氨血症，脑脂质沉积症，维生素B6依赖症等；
4、围产期脑损伤，主要是产伤、窒息、颅内出血、缺氧、缺血性脑病，中其以缺氧缺血性脑病而致癫痫者最常见；
5、颅内感染：如细菌性脑膜炎、病毒性脑炎、脑脓肿、霉菌性脑膜炎、脑寄生虫病、接种后脑炎、传染后脑炎等；
6、营养代谢障碍及内分泌疾病，常见有的低血糖、低血钙、低血镁、维生素B6缺乏，甲状腺功能低下；
7、脑血管病：如脑血管畸形、颅内出血、脑血管炎、脑梗塞等；
8、外伤：由外伤而致的颅内出血、颅骨骨折、脑挫裂伤等均可引起癫痫，但发病率与损伤程度及部位有关；
9、高热惊厥后脑损伤也导致癫痫。
