如何进行基因差异分析

 时间:2024-10-14 06:14:20

一般我们通过测序或者芯片实验之后,都会获得一系列的基因表达数据。很多情况下,这些数据需要我们进一步处理从而获得我们想要的差异基因。那么我们应该怎样才能高效快速的获得差异基因的结果呢?下面我就教大家怎样快速进行一个差异基因分析。

工具/原料

基因表达数据的csv文件

数据的分组信息的csv文件

Excel

准备数据文件

1、首先我们需要一个表达谱数据的csv文件表。这些基因表达数据一般是在实验结束之后就会产生,是我们分析的源文件。表达谱的格式为:文件的A1单元格留白;文件的第一行,写的是样本的唯一识别号,这个识别号可以自行指定,但请确保每个样本为一列且识别号都不同。文件的第一列(A列),写的是基因简称,每个基因在HGNC网站的列表中都有且唯一。数据格式如图所示:

如何进行基因差异分析

进行分析

1、登录基因云馆,右上角点登录系统。输入账号密码进行登录。没有账号可以快速免费注册一个。

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差异基因分析

1、右侧选择“差异分析 > 差异基因分析”;在inputset*栏目里放入上一步生成的RData,剩余参数如下选择。logFC代表倍增关系,一般是1-2,这里请选择1,如果差异基因过少可以嬲旖亍茫适当降低;pvalue代表p值,一般选择0.05,这里即选择0.05,如果差异基因过多可以适当降低;genenamesets代表要单独显示表达变化的基因,这里填写可以 AHNAK2;点击“运行”进行分析。

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