1、在琼脂糖凝胶不同的空中加入不同的DNA片段样品。通常第一个空为Marker，因为在同样的条件下，DNA片段在电场中的迁移速率是一样的，因此可以使用Marker来对照自己的目的片段大小。
2、通常使用电压120V，电流100mA对第一步的琼脂糖凝胶进行电泳实验。俗称“跑胶”。大约20分钟就可以完成。
3、将凝胶放到凝胶成像仪中观察，拍照，通常可以得到下图。图中，“M”代表Marker，其中有多条白色条带，每一条带所指示的DNA片段大小均用红字标出。由图可知，其他泳道中的白色条带与Marker泳道中500bp在同一条直线上，所以，本图中的DNA片段为500bp。
