1、大学章程的法律效力不明确
从我国的教育法，高等教育法或其他的法律中对大学章程的要求可以看出，只规定了高校在设立前要提交大学章程，但实质上并未赋予其法律地位和法律效力。
2、 大学章程对高校内外部法律关系在立法上规定不明确
高校和政府的关系不明确
高校和社会的关系不明确
高校与内部教员关系不明确
3、 大学章程制定与执行程序缺乏明确规定
首先，缺乏深入调研程序制度。 其次，大学章程缺乏专业的法律审查。还有，缺乏必要的通过形式。 最后，大学章程缺乏必要的审核备案程序。
4、 制定主体缺乏法治理念和地位
大学章程制定主体法治理念缺失 大学章程制定主体不明确 首先，要确定谁是大学章程的制定主体，即谁有权力制定章程。
5、大学章程制定的内容不规范
首先，我国大学章程的格式不规范。 其次，语言不规范，表述不严谨。
