可以两者一起报销。有低保者先进行新农合报销，然后再去当地民政部门报销。
按照《关于进一步完善医疗救助制度全面开展重特大疾病医疗救助工作的意见》完善医疗救助制度，对重点救助对象参加城镇居民基本医疗保险或新型农村合作医疗的个人缴费部分进行补贴，特困供养人员给予全额资助，最低生活保障家庭成员给予定额资助，保障其获得基本医疗保险服务。
低保农村合作医疗报销比例：
农村低保医疗保险政策是地方性政策，每个地区的政策都相同，农村低保医疗报销比例也有所不同。
总的来说，农村低保户费住院报销最高可报销800元，住院报销的比例为40%，一年最高可报销6000元。报销时带上相关材料前往社保经办机构办理即可。
