用MS给Lammps建模

 时间:2026-02-18 21:43:23

1、在MS中建模,并使用Forcite分配cvff力场。但是并不需要真的运行计算,选好力场后,关闭窗口保存即可。

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2、将所建立的模型导出为.car格式,值得注意的是该过程同时会产生.mdf, 转化过程中也需要这个文件。

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3、第一次使用msi2lmp工具,需要进行编译,过程极为简单只要在Linux或者MacOs环境下在msi2lmp的src文件下运行make命令即可。该工具在Lammps的tools文件夹下。编译成功后会得到msi2lmp.exe可执行文件,这个就是我们需要的工具。

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4、可以将前面得到的两个建模文件如:calcite.car和calcite.mdf两个文件拷贝到上面msi2lmp.exe所在的文件夹下。运行./msi2lmp.exe ./calcite  -i -frc ../frc_files/cvff.frc。注意cvff.frc的路径要正确,此外calcite.car或者其他文件名,不要带有.car和.mdf后缀。如果遇到可执行权限问题,可以通过sudo chmod +x ./msi2lmp.exe赋予可执行权限。如果一切顺利你将得到.data文件。

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5、需要注意的是只是得到了一个坐标正确,包含分子间成键,键角,torsion的文件,至于力场需要自己进行根据实际情况指定。

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