1、膜堵塞问题：城市生活污水处理用膜系统在正常使用中，在使用一段时间之后，膜孔容易堵塞，导致出水较少，截留水增加，处理效率降低，最终使膜处理系统异常。
2、膜系统维护成本问题：膜系统平均使用寿命约2 年，在旧膜出现严重堵塞、破损后必须进行更换处理，无法维修，导致城市生活污水处理设备后期维护成本高。
3、管理问题：配套的前期系统管理要求高，异常的水质进入膜系统，容易对过滤膜系统造成伤害，大大缩减膜使用寿命，严重时可致系统瘫痪。
4、截留水处置问题：整个城市生活污水处理系统虽然有效地处理了大部分渗滤液，但是截留水仍占进水的15% 左右，此部分水量较大，处置较困难，截留水处置问题严峻，仍待研究解决。
5、提前预知膜技术处理城城市生活污水过程中常见问题，从而规范的操作设备，使设备性能更加稳定。
