1、一是从旧兼从轻的原则。适用这一原则有两种情况：第一种是法律、法规、规章进行了修改;第二种是在违章建筑形成后，规划进行了调整，使原有的违章建筑对规划的影响发生了变化的。在第二种情况下计算追诉时效时，同样适用从旧兼从轻的原则。
2、二是优先从重处罚的原则。适用这一原则的前提是违章建筑的行为同时违反了两个以上的法律规范，可以由两个以上的行政执法部门查处的情况。对于有两个以上的行政执法部门对行政处罚管辖权发生争议的，可由牵头部门协调一个部门管辖;协调不成的，由相关行政执法部门报请共同的上一级行政机关确定，若其共同的上一级行政机关为当地政府的，牵头处理部门可直接报请当地政府确定。
3、三是正确适用没收和拆除的原则。对不违反法律和行政法规，而只违反地方法规及规章的违章建筑，一律不得处以没收或限期拆除。
4、四是正确认定违章建筑面积的原则。适用这一原则的前提是当事人擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑。在此情况下，大多为批少建多，行政机关在此情况下，应作出合理的认定。
