1、农业防治：改变栽培时期，错开发病期进行种植。采用深沟高畦栽培法，合理密植，改善作物通风透光条件，降低地面湿度。
2、土壤消毒：有条件的地方，可以利用作物休闲的季节，进行长时间的土壤浸泡，能显著地消灭土壤中有害杂菌与病虫；也可采用夏季高温闷棚。在高温季节晴天的上午，土壤翻耕浇水后，密闭棚膜，使棚内温度高达70 ℃以上，从而杀死棚内和土壤中部分病菌和虫卵；湿热杀菌可以有效杀死土壤中的各种线虫、有害真菌和细菌，解决重茬死苗的难题。
3、生物防治：粘类芽孢杆菌能够分泌促进作物生长的活性物质，使植株叶片浓绿肥厚，提高作物免疫力可提供全面养分，改良土壤，以粘类芽孢杆菌为主要成分的根小子微生物菌剂可以用作茄子重茬根腐的防治。
