1、正常终止密码子：具有简并性，有益性。在正常的蛋白质翻译过程中，mRNA有这样一组密码子，他们可能是UAA、UAG、UGA，当核糖体识别到这三个密码子里的其中一个，核糖体就会停止翻译合成蛋白质，随后将蛋白质转移到内质网进行装饰加工。这是正常的终止密码子。
2、提前终止密码子：具有有害性，低概率性。在三核苷酸(密码子)中,碱基改变形成终止密码子,造成肽链合成提前终止,因此合成不完整，对人体有害。尽管预期提前终止密码子会产生缩短的多肽产物，但事实上截短蛋白的形成在体内并不经常发生。包括人类和低等生物（如酵母）在内的许多有机体都采用无义介导的mRNA衰变途径，在含有无义突变的mRNAs转化为无功能多肽之前，这种途径会降解它们。
