1、高温间歇灭菌法是用100℃、30分钟杀死培养基内杂菌的营养体，然后将这种含有芽孢和孢子的培养基在温箱内或室温下放置24小时，使芽孢和孢子萌发成为营养体。这时再以100℃处理半小时，再放置24小时。如此连续灭菌3次达到完全灭菌的目的。
2、辐射灭菌法是采用放射性同位素放射的γ射线杀灭微生物和芽孢，适合于热敏物料和制剂的灭菌，这种方法不升高产品温度，穿透力强，灭菌效率高，但设备费用较高，对操作人员存在潜在危险性。
3、化学消毒法是使用化学杀孢子剂杀灭芽孢，强氧化剂对微生物的杀灭效力最强，过氧化氢和过氧乙酸是强氧化剂中的典型代表，也是构成杀孢子剂的主要成分。主要产品有奥克泰士杀孢子剂、斯坦利思杀孢子剂等。
