1、内源性组织背景对照某些细胞和组织可能有着固有的生物学性质，产生背景染色，从而导致结果的误读。在一抗上样之前，应利用荧光(适用于荧光标记)或明视场（适用于显色标记）照明在显微镜下检查细胞和组织，以确保组织本身没有信号。神经系统组织中的脂褐质的自发信号。脂褐质是一种色素，随着年龄增长在多种组织类型中积累。它也有着自发荧光的性质，其激发和发射光谱与常用的荧光色素重叠。上面显微照片中圈出的就是包含脂褐质的神经元，它可以在明视场显微镜（A）或荧光显微镜的绿色（B）和红色（C）光谱中被标记出来。
5、组织类型对照IHC/ICC实验的其他对照包括使用已知表达（或不表达）目的表位的组织样品。这种策略可提供有用的参考，也可使用在初步优化研究中。来自转基因动物的组织特别有用，它们过表达或不表达抗原。此外，可以使用不同物种的组织样品，以证实抗体的物种特异性。
6、用Western Blot进行参照的局限性人们常常开展Western Blot实验，以补充或支持IHC/ICC研究。不过，在变性过程中蛋白构象的变化可能产生误导性的结果。对于某一特定抗体，Western Blot与IHC/ICC研究之间的不一定可能只是反映出实际条件的差异。由于多克隆抗体识别多个表位，故没那么容易产生这种实验假象。
