1、第一种不通过的方法就是有看到同一个文章中创新点和别人以往文献中出现重复的本子，一般就可以给不通过了。
2、第二种不通过的方法就是看到申请人以往论文中，在有争议的期刊发表过论文，因此不要在有争议的期刊上随便发表论文。
3、第三种不通过的方法就是有专家特别指出国家自然科学基金申请书中的某些技术路线不可行，并且该专家的意见是有理有据，那么也可以给不通过。
4、第四种不通过的方法就是有些申请人的申请书在网评阶段，得到了很具体的负面意见，虽然能够上会，但是这种争议很大的申请书也可以给不通过。
5、第五种不通过的方法就是有些申请人的申请书写得非常敷衍，不严谨，特别是技术路线和可行性分析，这样即便基础再好也可以不给通过。
6、第六种不通过的方法就是同一个学科或者课题研究的申请书过多，或者都是同一个单位的类似课题，有灌水的嫌疑，也可以选择都不给通过。
