组织是体系运行的基本保障。通常的内控组织包括董事会与经营层两个层面，强调内部控制的建设与实施是董事会的责任，并且下设审计（风险）管理专门委员会加强管理。
方式一：单独设置内控部门。优点是有利于提高内控建设的初期推动效率，缺点是内控部门与经营管理部门割裂，未能很好地体现内部控制责任与经营管理责任的融合
方式二：由内部审计部门牵头负责内控工作。优点是待体系初建完成且运行平稳后，内部审计作为内控的监督部门，可以立足于公司整体牵头协调各部门定期进行内部控制的自我评价，并且持续完善内控体系的建设。
方式三：在内部控制建设集中期设立内部控制建设办公室，该办公室从各主要部门抽调人员专职从事内控体系建设工作，待体系正式运行时，办公室解散，人员归位到各经营管理部门，且牵头职能也归位至内审部门。
注意。
企业生存、发展和获利是企业存在的永恒目标，企业的一切经营管理活动都要围绕此目标而实施，与此目标相违背的经营管理活动都是无效和无意义的。
